Цитата: Доставка пиломатериала покупателю.
Ну так это уже работа далеко не на территории предприятия, как я понимаю.
Цитата: Услуги мы не предоставляем.
Почему? До 2013 года была опасность попасть под обязательный тогда ЕНВД, но сейчас-то этой угрозы больше нет.
Цитата: Допустим что доставка бесплатная... как это оформить и учесть расходы
На поездку обязательно оформлять путевой лист. А в договоре с покупателем прописать, что стоимость доставки включена в цену товара.
Цитата: и можно ли учитывать такие расходы для расчета налога?
Можно.
Цитата: или оформить как работа машины на территории предприятия... складирование и вывоз отходов производства...
Если таким образом пытаетесь "прикрыть" услуги покупателю, то напрасно. Можно оформить все правильно и вполне официально, абсолютно ничем не рискуя.
На внутренние (в интересах своего предприятия) поездки тоже оформляйте путевые листы.